新闻资讯

首页 > 新闻资讯 > 搬家公司价格使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德
搬家公司价格使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德

2020-06-26 06:33   作者:上海搬家公司   

凡是根据本文的详细说明还绘制不出来的人,必定 要精确严格重复视频里的操作!应先把视频里的示例体系重复一遍,连这个例子都重复不出来者注意看文末的文字


使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华外貌图和分子间穿透图

文/Sobereva @北京科音

First release: 2018-Oct-13  Last update: 2020-May-23


1 前言

静电势对于考察分子间静电彼此作用、预测反应位点、预测分子性质等方面有重要意义,被广为使用,相关学习资料和笔者之前写过的全部跟静电势有关的博文见《静电势与平均局部离子化能综述合集》(),Multiwfn(主页为)是分析分子静电势最灵活、最强大的工具。很久以前,笔者写过一篇文章《使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子外貌静电势分布》(,以下简称“196”)介绍了怎么将Multiwfn和免费的可视化程序VMD相结合绘制静电势着色的分子范德华外貌图以及分子间范德华外貌穿透图,但是笔者在大量网上答疑中感到很多接受手段较差的Multiwfn用户还是不能 很好根据博文里详细讲述的次序 做出图来,另一方面那篇博文的过程涉及很多手动操作过程,对于手慢的用户绘图效率较低。考虑到这些,笔者这次专门写一篇文章,介绍通过利用批解决文件和绘图脚本极其便当地绘制上述图形,将次序 最大水平 简化。相信此文会令读者深感Multiwfn+VMD绘图又快又便当,初学者也能很容易地获得非常美丽 的图像。此文其实不 能完全取代之前那篇博文,那篇文章里对细节讲述很详细,如果能把那篇文章完整阅读、深刻领会,读者就可以依照 实际要求恰当调节选项获得更好效果。
(注:请初学者仔细一个字一个字阅读本文内容,绝对不要无视文中任何字句!)

本文涉及两种展现分子外貌静电势分布的做法,第一种是196文中已经详细交代的,用Multiwfn的主功能12对静电势做定量分子外貌分析导出外貌顶点文件vtx.pdb,载入到VMD中显示出来,并依照 vtx.pdb的B因子字段数据(对应静电势)来着色。第二种是类似《基于Multiwfn发生 的cube文件在VMD和GaussView中绘制填色等值面图的方法》()文中的做法,用Multiwfn发生 电子密度和静电势的cube文件,载入到VMD里,将静电势的数据以不同 颜色映射到电子密度的等值面上。本文说的范德华外貌是指Bader的定义,即把电子密度0.001 a.u.等值面作为范德华外貌。

读者必需 使用Multiwfn 3.6及以后版本,不要用更老的版本。不了解Multiwfn的话参看入门贴《Multiwfn入门tips》()。VMD使用1.9.3版,可在免费下载。这里假定用户使用的是Windows系统,笔者用的是Win7-64bit。笔者在绘图前已经根据文中的说明,将Multiwfn的settings.ini里的cubegenpath指向了Gaussian目录下的cubegen程序路径以显著降低静电势计算耗时(输入文件必需 是.fch格式时才有效)。本文的做法绝对不单 限于Gaussian用户,GAMESS-US、ORCA、Molpro等绝大部分 主流程序的用户都可以根据本文的做法绘制,只要提供带有波函数信息的文件即可,参考《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、发生 方法以及彼此转换》()。


2 本文涉及的文件和准备上班

此文用到的所有输入文件都可以在此下载:。本文用到的.bat、.txt、.vmd文件在目前最新版Multiwfn的examples\drawESP目录下都可以找到,这些文件在这里介绍一下。

以下三个Windows下的批解决文件,在绘图前读者必需 将它们放到Multiwfn所在目录下。
ESPiso.bat:用于发生 电子密度和静电势的cube文件,即density[序号].cub和ESP[序号].cub
ESPpt.bat:用于发生 分子结构和外貌顶点的pdb文件,即mol[序号].pdb和vtx[序号].pdb
ESPext.bat:在ESPpt.bat基础上,还会额外发生 分子外貌静电势极值点的pdb文件(surfanalysis.pdb)

ESPiso.txt、ESPpt.txt、ESPext.txt分袂 被上述三个.bat文件所利用,里面每一行记录了Multiwfn中每一步要输入的命令,在绘图前读者必需 将它们放到Multiwfn所在目录下。

运行以上批解决文件调用Multiwfn计算前,读者要将被计算的分子的fch文件改名为1.fch放到当前目录下。双击批解决文件时,就会自动调用Multiwfn对当前目录下的1.fch文件进行计算并得到绘图所需的文件,而且会自动把结果文件拷到VMD目录下。在使用批解决文件前,用户必需 自己 编辑 .bat文件,把里面默认的VMD目录D:\study\VMD193改成自己 机子的实际VMD目录,如果VMD的路径里含有空格,则路径必需 通过双引号扩住,如"D:\study\VMD 193"。

  • 共5页:
  • 上一页
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
  • 下一页
  • 上海搬家-上海搬家公司-高端上海搬家公司


     本站关键词:上海搬家 上海搬家公司 上海搬家价格

    联系人:高端 电话:86-021-62603851 手机:13861619891 传真:86-021-82603881